和记娱乐网赌场

简化基因组RAD/GBS常见问题集锦

简化基因组技术是目前最高效的实用于群体分析的手段。近年发展起来的方法主要有GBS、RAD-seq等。通过选取合适的限制性内切酶结合高通量群体测序构建SNP分子标记,性价比高、稳定性好,可广泛用于群体进化分析、高密度遗传图谱构建、QTL定位、以及辅助基因组组装连接染色体等领域。

  • GBS和RAD都是简化基因组技术,区别在哪里?

    和记娱乐网赌场 GBS和RAD都是基于酶切处理的简化基因组技术,主要区别如下:

  • 什么情况下适合采用GBS技术?

    GBS适用于那些拥有家系群体或自然群体的物种,有无参考基因组均可;尤其适合重复序列较多的物种,如玉米、高粱等。

  • GBS为什么比较适合重复序列高的物种?

    因为GBS选择的酶ApekI是一种甲基化敏感酶,位于高重复区域的酶切识别位点容易发生甲基化,不能被ApekI切开,因此可以避开高重复区域,得到的标记有效性更高。

  • 对于群体进化研究,个体的混样策略是怎样的?

    如果更关注群体间的遗传多样性差异,希望消除群体内个体遗传差异带来的干扰,可以采用群体内个体混样的策略,我们会进一步在生物信息分析流程中采用优化的群体内SNP纠错与过滤程序达到分析目的。

  • RAD-Seq测序结果受哪些因素影响?测序成功的标准是什么?

    和记娱乐网赌场 设备、耗材、操作问题等方面都会对测序的结果造成影响。测序成功标准包括:reads数达标,错误率低,Q20高等。 

分享到:

留言