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疑问解答--分析类

  • 我对突变体和野生型进行RNA-seq表达差异分析,为什么基因功能富集分析的结果与我的预期并不相同。

    可能原因两种可能:
    1)突变体表型可能必须在适合的条件下(如热应激)才能得到表达。在取样的时候,如果没有提供突变表型得到表达的最佳环境,可能导致与突变相关的基因并没有出现差异表达。
    2)由于生物体的基因表达本身存在一定的随机性,在差异表达的基因中本身包含着背景噪音(与突变无关的差异表达基因)。对于这类问题的处理,我们建议设置实验梯度,然后用基因表达趋势分析的方法,从差异表达的基因中,进一步筛选与性状相关的基因。

  • 对转基因样本进行RNA-seq分析,如何检测外源基因的表达量

    对于转基因样本的外源基因,由于在样本原有的参考基因组上没有外源基因序列,如果直接进行RNA-seq比对和分析,则无法检测到外源基因的表达。正确的做法是,我们要将外源基因的序列整合到物种原有的参考基因序列中,然后才能同时检测内源基因和外源基因的表达量。

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