和记娱乐网赌场

常见疑问解答-2

  • 我在贵公司做了转录组测序,查看结果时发现,有些装出来的Unigene的表达量是0?

    计算基因表达量的时候使用唯一匹配的reads,如果unigene存在多个多变剪切,有时候就会发生对应转录本的表达量较低的情况,有时候甚至是0。我们已经通过相似序列的聚类来部分减少相似可变剪切序列的这种影响。但由于需要控制这类处理可能对基因组家族造成的错误聚类,我们选用了适中的参数,因此依然会有部分可变剪切被保留,导致了以上的现象。

  • 目前做高通量测序项目是否必须设置生物学重复?

    和记娱乐网赌场 理论上讲,设置生物学重复是比较合理严谨的做法,如果老师的经费允许的话,可以建议老师做适当的生物学重复(至少三个)。但就目前高通量研究领域来看,考虑到成本问题,单独样品的研究亦可得到学界的一定认可,比如IF在5以下的期刊,还是可以接受无重复的样本研究。不过随着时间的推移,做生物重复是必然趋势。

  • 做多个样本的RNA-seq项目,两两比较中有某个样品的基因表达量上调和下调基因数目相差很多(两个数量级),是否正常?

    理论上讲,一个细胞的RNA总量是比较稳定的,那么通常情况下,上调和下调的基因数一般不应该差别很多,如果差别一个数量级以上,可以考虑查证是否在样品中存在的rRNA或者其他物种RNA污染的影响。

  • 在lncRNA分析中,你们是如何分析其对基因的调控的?

    和记娱乐网赌场 由于目前对lncRNA的功能机制的研究尚未明确,现在我们一般采用lncRNA顺式调控假说的方法原理,将lncRNA附近10kb的区域中包含的基因作为潜在的lncRNA相关基因,如果同时进行了表达谱测序,我们可以通过这些基因与lncRNA间的共表达关系对之进行筛选,得到更可信的lncRNA与基因调控网络。

  • 我研究的物种没有参考基因组,一共六个样品。我准备分别进行混样转录组测序,再进行表达谱测序,你们还有更好的办法吗?

    老师您的方法是合理的,对混样进行转录组测序,尽可能得到完全的转录组数据,以此为参考序列,进行表达谱测序。但我们有更好的办法。老师可以选择对合样品进行pe100测序,测序量为2G,然后将表达谱测序的结果混合后进行组装,同样可以得到转物种的转录组。

  • 我想在ncbi数据库中下载的某物种转录组测序结果,请问具体方法是什么?

    和记娱乐网赌场 在ncbi数据库中,转录组测序的reads信息被压缩为SRA格式,在ncbi搜索物种,可以在搜索的SRA栏目中找到测序信息和下载链接。下载下来的数据需要使用SRA转换工具来转换成分析软件需要的FASTQ格式。

  • 如何判断基因表达量测定结果的好坏?

    有如下方法:

    和记娱乐网赌场 一,观察结题报告中的测序及比对结果是否正常;

    二,正常情况下两样品差异比较得到的上调基因和下调基因的数目应基本在一个数量级;

    和记娱乐网赌场 三,可以通过比较两样品中物种组成型表达的基因(看家基因)的表达量,正常情况下应基本一致。

    (我们都会在将结果呈递给老师前对结果进行检验,老师可以放心使用。)

  • 差异基因的筛选条件为何是在两个样品中的表达量相差大于二倍?

    和记娱乐网赌场 表达量差异倍数的设置是根据老师的研究需要设定的,目的是找到合适数量的差异基因,并无硬性指标。二倍的差异是国际杂志认可的筛选标准。如果老师认为得到的差异基因数过多,可以自行提高差异倍数。具体可以咨询基迪奥的技术人员。

  • 我拿到了我的表达谱测序结题报告,显示差异基因有好几千个,请问我怎样才能找到感兴趣的某功能基因?一个一个找吗?

    如果老师已经锁定感兴趣的代谢通路,可以点开结题报告中kegg富集分析,选择该代谢通路的超链接,打开基因列表,查看该通路中的差异表达基因,如果仍然过多,老师您可以点开路径名的超链接,在路径图中选择位于上游的差异基因。

  • 海洋生物的育种的研究

    我想对某种海洋生物的育种进行研究,但该海洋生物的基因组数据一直没有公布,请问是否可以通过转录组测序来筛选分子标记?

    可以,我们通过转录组测序可以对样本个体SSR等分子标记进行检测。同时,也可以建议老师采用RAD测序来进行分子标记的筛选。

  • 我们实验室准备寄送一批样品到公司进行转录组测序,提取完材料后发现液氮用完了,我们是否可以直接将样本放置到-70℃冰箱中保存?

    不能,含有RNA酶的样品如果不使用液氮进行速冻,含有的RNA极易降解。如果不做液氮处理而直接储存,因-70℃冰箱无法起到速冻作用,样品中RNA将大量降解,严重影响实验结果。所以一定要准备齐全再开始实验,不要因为一时偷懒造成更大的损失

  • 怎样使用UCSC数据库查找某种蛋白质(脊椎动物)在基因组上的位置,以及其保守性?

    和记娱乐网赌场 打开UCSC Genome Browser Home数据库网站,点击左侧栏目中的Blat工具,在弹出的网页中输入蛋白质的核苷酸序列,点击submit,找出匹配率最高的结果,点击detail,可以查看匹配结果,点击browser,就可以查看该序列在基因组上的位置以及在脊椎动物中的保守性。具体内容可以参看“技术支撑”栏目中的“资料下载”分栏中的“UCSC数据库详解”。

  • 计划研究一个物种(基因组未发表),想了解一下其基因组的基本信息,请问有哪些途径?

    可以通过查询相关网站数据获知,例如Animal Genome Size Database,PlantGDB,Plant DNA C-values Database等。

  • 对于一个未知物种而言,如果做转录组denovo项目,一般有多少个unigene比较合适?

    物种的转录组unigene数目因为物种的不同可能有显著不同,考虑到每个基因有可能产生多个转录本的情况,结合目前的项目经验,一般物种的unigene数目为基因数的2-4X比较合适。

  • 我刚刚完成了一个芒草转录组测序。下一步,我想在芒草Unigene序列中找到一些与水稻产量相关基因的同源基因,该如何处理?

    答:如果已有水稻产量相关基因的序列,那么你可以利用Blast在芒草转录组数据中的找到同源序列。由于您的所有数据都在本地(包括芒草转录组数据和水稻基因序列),建议您可以在NCBI下载Blast软件(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/),并且在本地安装。然后在个人电脑中,进行同源比对。如果需要具体blast本地化安装与分析的资料,可以联系基迪奥技术支持部门。

  • 转录组组装unigene的在不同样本中为何有很多表达量都为零?

    计算基因表达量的时候使用唯一匹配的reads,如果unigene存在多个多变剪切,有时候就会发生对应转录本的表达量较低的情况,有时候甚至是0.

  • 我最近抽提了一批RNA样品,准备送去测序公司测序,检测发现浓度没有达标,但其他指标都合格了,请问可能是什么原因导致的?该如何解决?

    RNA提取结果浓度没有达标的原因有很多,可能与提取条件与试剂有关,一种可能的原因是抽提时一次加入的样品量过多,导致RNA抽提不完全,杂质含量过多,经除杂后浓度不达标。解决方法是:适当减少样品量,充分研磨。

  • 外显子测序能够发现染色体隐性遗传疾病与复杂遗传疾病中的突变位点吗?

    和记娱乐网赌场 答:可以。外显子测序技术能够富集基因组中的蛋白编码序列,通过与参考基因组的比对找出突变位点。外显子测序能在全基因组的层面上对基因突变进行检测,不受表型和突变基因数的限制,很适合研究隐形遗传病以及复杂遗传疾病。部分测序公司,如基迪奥生物都能为您提供外显子测序及相关的分析服务。

  • 我想从NCBI上下载测序原始数据用于研究,但是下载下来的原始数据的文件格式是SRA,如何转换成分析软件需要的FASTQ格式?

    我们需要下载NCBI提供的格式转换工具,下载网址如下:
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
    根据操作系统平台的类别安装转换工具箱,转换命令为:
    $ fastq-dump -A <SRR_accession> -D <Path_to_SRR_Directory> -O <Output_Path>。

  • 没有参考基因组的非模式物种的转录组测序是否可以研究可变剪切。

    和记娱乐网赌场 答:不可以。目前大部分研究可以剪切的软件(例如 SOAPsplice)都需要依赖于参考基因组(DNA序列)和基因组注释的信息。仅仅依靠转录组组装的结果是无法准备有效研究可变剪切的。实际上,转录组的组装结果中就包含了来自同一个基因的不同可变剪切,其序列具有高度相似性。但由于没有参考基因组,我们无法将可变剪切与基因家族有效区分开。因此,仅仅依靠转录组组装的结果,并不足以有效准确地研究可变剪切的。

分享到:

留言